Badania pozwalają na diagnostykę szerokiego panelu zakażeń urogenitalnych czyli chorób przenoszonych drogą płciową, tzw. STD (ang. sexually transmitted diseases) lub STI (ang. sexually transmitted infections) i wykonywane są jakościową metodą PCR.
Przy podejrzeniu zakażenia należy zawsze brać pod uwagę możliwość koinfekcji, ponieważ Chlamydie i pozostałe drobnoustroje wymagają odmiennych strategii leczenia.
Badanie wykonywane są:
1. w wymazie dróg moczowo-płciowych kobiet (kanał szyjki macicy, szyjka macicy, tarcza szyjki, pochwa, cewka moczowa, miejsca zmienione chorobowo);
2. W wymazie z dróg moczowo-płciowych mężczyzn (cewka moczowa, prącie, miejsca zmienione chorobowo);
3. w wymazie z odbytu;
4. w moczu.
Neisseria gonorrhoeae (gonokok, dwoinka rzeżączki) wywołuje rzeżączkę, należącą do STD/STI. Choroba lokalizuje się tradycyjnie w narządach płciowych oraz coraz częściej, poza narządami płciowymi: w jamie ustnej i gardle oraz odbycie. U mężczyzn Neisseria gonorrhoeae wywołuje ostre zapalenie cewki moczowej, u kobiet zakażenie szyjki macicy lub zmiany w pochwie. Konsekwencjami nieleczonej rzeżączki może być zapalenie najądrzy u mężczyzn, a powtarzających się zakażeń, bezpłodność u kobiet.
Mycoplasma – szacuje się że około 70% osób aktywnych seksualnie jest ich nosicielem. Z rodzaju Mycoplasma największe znaczenie kliniczne mają gatunki Mycoplasma hominis i Mycoplasma genitalium, których występowanie koreluje ze stanem zapalnym cewki moczowej, (bakteryjnym) zapaleniem pochwy, gorączką poporodową, posocznicą oraz zakażeniami OUN (M. hominis). Z kolei obecność M. genitalium uważa się za czynnik sprawczy nie-chlamydiowego i nie-gonokokowego zapalenia cewki moczowej u mężczyzn / szyjki macicy u kobiet. M. genitalium jest również prawdopodobną przyczyną występowania stanów zapalnych pęcherza moczowego.
Ureaplasma urealyticum u mężczyzn jest przyczyną ostrych zapaleń przedniego odcinka cewki moczowej oraz wysięków ropnych, nieleczona może prowadzić do zapalenia najądrzy. U kobiet objawy infekcyjne zlokalizowane są przede wszystkim w obrębie dolnego odcinka dróg moczowo-płciowych. Ureaplasma urealyticum jest przyczyną zapalenia szyjki macicy, endometrium, jajowodów i narządów miednicy małej. Obecnie w obrębie dawnego ujęcia gatunku Ureaplasma urealyticum wyróżnia się 14 serotypów grupowanych w 2 gatunki (biowary), które można identyfikować tylko metodami molekularnymi. Są to Ureaplasma parvum i Ureaplasma urealyticum. Różnicowanie obu gatunków jest celowe, ponieważ dużo większe znaczenie kliniczne, szczególnie w odniesieniu do patologii ciąży wykazuje U. urealyticum.
Trichomonas vaginalis – rzęsistek pochwowy pasożytuje w drogach moczowo-płciowych, zakażenia najczęściej objawowe, dotyczą głównie sromu i pochwy. Do zakażeń dochodzi drogą płciową, np. przez współżycie z zakażonym bezobjawowo partnerem, pośrednie, przez używanie wspólnych ręczników, pościeli etc., ponieważ rzęsistek przeżywa w zaschniętych kroplach wydzieliny chorej osoby. Miejscem bytowania u kobiet: jest pochwa, kanał szyjki macicy i pęcherz moczowy, u mężczyzn: cewka moczowa i gruczoł krokowy i pęcherzyki nasienne. Najczęściej zakażeniu towarzyszy ostry stan zapalny dróg moczowo-płciowych powodujący obfite, pieniste, cuchnące, zielonkawe upławy z dróg rodnych, ból i pieczenie, często świąd. W przypadku zakażenia dróg moczowych może wystąpić częstomocz, bolesne mikcje, bóle w podbrzuszu. Może w sposób bezobjawowy zasiedlić gruczoł krokowy mężczyzny i zarażać partnerkę.